1、生物信息学之软件分析平台报告人：苏晓峰制作:一班E队集体（孟志刚、苗猛猛、孙豹、邹良平、徐明、张怡、苏晓峰、张健飞、王金辉）一、生物信息学生物信息学（Bioinformatics）：是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一。生物信息学网站http:/ EMBOSS explore为例进行演示：EMBOSS explore的应用1. 对输入信息的加工分析2. 对基因的分析3. 对蛋白质的氨基酸序列性质的分析4. 对蛋白质的氨基酸序列或核酸的核苷酸序列的相似性分析5. 对蛋白质一
2、级结构的分析6. 对蛋白质二级结构的分析7. 对蛋白质三级结构的分析8. 对蛋白质进行酶学分析9. 对多个序列之间进化关系上的分析10. 其他软件功能1.对输入信息的加工分析coderet 可以把输入的信息进行整合加工，再以更直观的形式表现出来。输入的时候要把其基因的说明信息等都要输入，而不能只输入核苷酸或氨基酸序列，否则只输出序列的个数，没有意义。以NCBI中的NM_000517为例进行操作： Seqretsplit其可以把一起输入的多个核酸或氨基酸序列进行拆分，便于我们的操作，这样可以节省时间。 Human - HBA_HUMAN Hemoglobin alpha - Homo sapie
3、ns (Human). MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR Mouse - HBA_MOUSE Hemoglobin alpha - Mus musculus (Mouse). MVLSGEDKSNIKAAWGKIGGHGAEYGAEALERMFASFPTTKTYFPHFDVSHGSAQVKGHGKKVADALASAAGHLDDLPGALSALSD
4、LHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLASHHPADFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR Dolphin - HBA_TURTR Hemoglobin alpha - Tursiops truncatus (Atlantic bottle-nosed dolphin). MVLSPADKTNVKGTWSKIGNHSAEYGAEALERMFINFPSTKTYFSHFDLGHGSAQIKGHGKKVADALTKAVGHIDNLPDALSELSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLALHLPADFTPSVHASLDKFLASVSTVLTSKYR Chicken -
5、 HBA_CHICK Hemoglobin alpha-A - Gallus gallus (Chicken). MVLSAADKNNVKGIFTKIAGHAEEYGAETLERMFTTYPPTKTYFPHFDLSHGSAQIKGHGKKVVAALIEAANHIDDIAGTLSKLSDLHAHKLRVDPVNFKLLGQCFLVVVAIHHPAALTPEVHASLDKFLCAVGTVLTAKYR Snake - HBA_DRYCE Hemoglobin alpha-A - Drymarchon corais erebennus (Texas indigo snake). MVLTEEDKSRV
6、RAAWGPVSKNAELYGAETLTRLFTAYPATKTYFHHFDLSPGSSNLKTHGKKVIDAITEAVNNLDDVAGALSKLSDLHAQKLRVDPVNFKLLGHCLEVTIAAHNGGPLKPEVILSLDKFLCLVAKTLVSRYR Frog - HBA1_XENLA Hemoglobin subunit alpha-1 - Xenopus laevis (African clawed frog). MLLSADDKKHIKAIMPAIAAHGDKFGGEALYRMFIVNPKTKTYFPSFDFHHNSKQISAHGKKVVDALNEASNHLDNIAGSMSK
7、LSDLHAYDLRVDPGNFPLLAHNILVVVAMNFPKQFDPATHKALDKFLATVSTVLTSKYR Goldfish - HBA_CARAU Hemoglobin alpha - Carassius auratus (Goldfish). MSLSDKDKAVVKALWAKIGSRADEIGAEALGRMLTVYPQTKTYFSHWSDLSPGSGPVKKHGKTIMGAVGDAVSKIDDLVGALSALSELHAFKLRIDPANFKILAHNVIVVIGMLFPGDFTPEVHMSVDKFFQNLALALSEKYR以下我们以此基因为例进行一系列的操作： ATGGCAC
8、AGTCAGTGCTGGTACCGCCAGGACCTGACAGCTTCCGCTTCTTTACCAGGGAATCCCTTGCTGCTATTGAACAACGCATTGCAGAAGAGAAAGCTAAGAGACCCAAACAGGAACGCAAGGATGAGGATGATGAAAATGGCCCAAAGCCAAACAGTGACTTGGAAGCAGGAAAATCTCTTCCATTTATTTATGGAGACATTCCTCCAGAGATGGTGTCAGTGCCCCTGGAGGATCTGGACCCCTACTATATCAATAAGAAAACGTTTATAGTATTGAATAAAGGGAAAGCAATCTCTCGATTCAGTGCCACCCCTGCCCTTTACATTTTAACTCCCTTCAACCCTATTAGAAAATTAGCTATTAAGATTTTGGTACATTCTTTATTCAATATGCTCATTATGTGCACGATTCTTACCAACTGTGTATTTATGACCATGAGTAACCCTCCAGACTGGACAAAGAATGTGGAGTATACCTTTACAGGAATTTATACTTTTGAATCACTTATTAAAATACTTGCAAGGGGCTTTTGTTTAGAAGATTTCACATTTTT2.对基因的分析
