引物设计

1、Taqman法荧光PCR 引物探针设计 1 与目标序列互补 实时荧光定量PCR TaqMan法 TaqMan-水解型杂交探针 v 5端标记有报告基团(Reporter, R) ，如FAM、VIC等 v 3端标记有荧光淬灭基团 (Quencher, Q) v 探针完整，R所发射的荧光能量被Q基团吸收 ，无荧光， R与Q分开，发荧光 v Taq酶有 53外切核酸酶活性，可水解探针 2 。

2、PCR引物设计PCR扩增与DNA胶回收纯化实验方法 n根据实验目的目标基因设计合适的引物根据引物设计原则，送至引物合成公司进行合成。n配置PCR反应体系：200 ul的PCR离心管中2.5 L 10 PCR缓冲液2.5 L 2 mmolL 。

3、PCR引物设计的11条黄金法则 1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在1530碱基之间。 引物长度（primerlength）常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延。

4、荧光定量PCR 1 引物要求： （1）设计的时候尽量靠近基因的3端，这样能最大限度地保证扩增效率 （2）尽量跨越内含子，这样可以保证检测有无基因组污染 （3）两条引物的Tm值不要相差太大 （4）产物长度保证在80200bp之间，最长300 bp。 （5）避开保守区域 荧光定量PCR引物设计（SYBRGreen） 2 1. NCBI Primer blast Novobio Propriet。

5、. 第一节 平面设计 第条 平面设计应符合下列原则： 一、道路平面位置应按城市总体规划道路网布设。 二、道路平面线形应与地形、地质、水文等结合，并符合各级道路的技术指标。 三、道路平面设计应处理好直线与平曲线的衔接，合理地设置缓和曲线、超高、加宽等。 四、道路平面设计应根据道路等级合理地设置交叉口、沿线建筑物出入口、停车场出入口、分隔带断口、公共交通停靠站位置等。 五、平面线形标准需分期。

6、引物设计实例分析引物设计实例分析 1 引物设计基本原则 引物长度（primer length） 产物长度（product length） 序列Tm值 (melting temperature) G+C含量（composition） 引物二聚体及发夹结构 （duplex formation and hairpin） 阅读框 2 1. 引物的长度 一般为15-30bp，。

7、常用生物软件及使用概述 也不必将它当成您的研究 域 但您最好知道如何使用个工具 1 一、一、管理实验室数据及文献资料 查阅实验相关文献查阅实验相关文献, ,以便对自己所要做课题的最新进展有以便对自己所要做课题的最新进展有 一个基本的了解，从而确定自己的实验策略；同时，方一个基本的了解，从而确定自己的实验策略；同时，方 便便实验室结果的储存，管理和申报工作。常用软件：常用软件： 1 1、R。

8、序列分析及引物设计专题 郭志富 2012年11月21日 1 测序序列 如何确定是否为目的序列？ 如何去除载体序列？ 如何转换成有义链？ 如何找到序列起始和终止位置？ 一、序列分析部分 2 第一步：BLAST 3 4 输入测序序列 5 选择物种 选择比对类型 6 7 8 9 去除序列中此数字之前的序列， 一般前50-80bp要么是载体序列， 要么是测序不准确的端部 一般序列较短。

9、 引物设计的一般原则引物设计的一般原则 郭大伟郭大伟 1 引物设计的一般原则 1.1.引物长度 7.发卡结构 2.2.GC% 8.二聚体 3.3.Tm值 9.错配 4.4.3端碱基要求 10.交叉二聚体 5.5.5端碱基要求 11.产物长度 6.6.G 值 12.评分 2 引物长度 引物的长度一般为15。

10、第四讲 RT-PCR引物设计 及注意事项 1 一、步骤 1.查找目的基因序列 2 3 4 5 6 7 8 目的序列的选择 9 TNFalpha用全称 10 小鼠的TNFalpha序列 11 大鼠的TNFalpha序列 12 一、步骤 2.在线设计引物 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 一、步骤 3.在线验证引物 24 。

11、. 研究生必备设计引物篇 一、引物设计step by step 1、在NCBI上搜索到目的基因，找到该基因的mRNA，在CDS选项中，找到编码区所在位置，在下面的origin中，Copy该编码序列作为软件查询序列的候选对象。 2、用Primer Premier5搜索引物 打开Primer Premier5，点击File-New-DNA sequence, 出现输入序列窗口，Copy目的序列在。

12、. Primer 5.0搜索引物： 1.Primer Length我常设置在1830bp,短了特异性不好，长了没有必要。当然有特殊要求的除外，如加个酶切位点什么的。 2.PCR Product size最好是100500bp之间，小于100bp的PCR产物琼脂糖凝胶电泳出来，条带很模糊，不好看。至于上限倒也不必要求苛刻。 3.Search parameters还是选Manual吧，Search。

13、. 客厅的设计 一、 功能分区 沙发和茶几是客厅待客交流及家庭团聚畅叙的物质主体。因此，沙发选择好坏、舒适与否，对待客情绪和气氛都会产生很重要的影响。 视听空间是客厅视觉注目的焦点，现代住宅愈来愈重视视听区域的设计。通常，视听区布置在主坐的迎立面或迎立面的斜角范围内，以便视听区域构成客厅空间的主要目视中心，并烘托出宾主和谐、融洽的气氛。 二、风格 客厅的设计风格很多，可分为传统和现代两种。传统风格。

14、. 1. 引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。最好位于编码区5端的300-400bp区域内，可以用DNAman,Alignment 软件 看看结果。 2. 产物不能形成二级结构（自由能小于58.61KJ/mol）。 3.引物长度一般在17-25碱基之间,上下游引物不能相差太大。 4.G+C含量在40%60%之间，45-55最佳。 5.碱基要随机分布，尽量均匀。 6.引物自身不能有连续4。

15、引引 物物 设设 计计 l引物 l引物的重要性 l引物设计的原则 l引物与PCR l引物设计软件 l如何使用Primer Premier 5.0 l引物同源性分析 1 引物（引物（primers)primers) l引物是人工合成的两段 寡核苷酸序列，一个引 物与感兴趣区域一端的 一条DNA模板链互补， 另一个引物与感兴趣区 域另一端的另一条DNA 模板链互补。 3 3 5 5。

16、 引物设计需要注意事项 一、PCR引物设计的11条黄金法则 1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在1530碱基之间。引物长度（primer length）常用的是18-27 bp，但不应。

17、1 实例图解简并引物设计 一、序言 设计一对合适的引物是PCR 扩增目的基因成功的关键，但许多人往往过度依赖 Primer Premier（以下简称PP）或Oligo 等引物设计软件，有时候引物没设计成，却 身陷软件之中无法自拔。其实，不论特异性引物或简并引物，只要掌握了几个关键点 ，手动也可以设计出一对好引物。如果不是大批量设计引物或设计复杂的引物序列， 下面的四个常用工具即可轻松胜任引物设计。

18、PCR引物设计方法和原理 1 一、引物设计的目的 n获得目标片段 nDNA测序 n基因克隆 n体外转录 n突变 n探针设计 n分子标记 2 二、引物设计的类型 n常规PCR引物 nPCR同源引物和简并引物 n探针 3 引物设计的步骤 n下载DNA模板或蛋白质序列 n进行同源比较，找到保守同源序列 n设计引物 4 四、PCR引物设计的原则 n引物长度（primer length）: 18-2。

19、一.寻找目的基因mRNA序列及CDS阅读框（蛋白质对应的基因序列） 1 2 3 4 5 6 1.选中CDS开发阅读框（表达蛋白的序列）基因序列，共162个碱基； 2. 注意CDS特征，前段非编码区如果太长，需要增加保护序列；后端非编码区如果长， 则说明CDS序列稳定可用； 7 将查到的CDS序列粘贴至new DNA file框中，选择linear类型DNA，软件即可自动分析该 段序列。