相传，孔子的父亲叔梁纥与母亲颜氏在尼丘山上祈祷后，第二年生下孔子。孔子生来头顶的形状是中间低、四周高，像尼丘山一样，故起名叫孔丘，字仲尼。
相传，孔子还没有出生时，有只麒麟在他家里口吐天降之书，上面有文字说：“水精之子，继衰周而为素王”。孔子的母亲感到很奇怪，就用绣绂系在麒麟的角上，隔了两夜才离去。孔子的母亲怀孕十一个月才生了孔子。
鲁襄公二十二年（公元前五五一年），孔子诞生的晚上，相传有两条龙从天降下，绕护着他家，五位神仙从天上降到他家庭院中。
相传，孔子出生时，顔氏在房中听到天乐鸣空，还听到空中有声音说：“天感生圣子，故降以和乐之音。”孔子生来就与凡人不同。
孔子三岁时，父亲就去世了。孔子五六岁时，跟其他小孩不同，常喜欢摆上俎豆等祭祀用品，模仿祭祀的礼仪。据说他有礼仪的天赋，无师自通，许多小孩都跟着他学礼，他的名声在当时的诸侯国中不胫而走。
孔子成年后，曾做过季孙大夫家的委吏（管理仓库的小官），称量算数都很公正。
孔子十九岁成婚之后，在第二年生了儿子，鲁昭公赐给他一条鲤鱼，孔子为了显耀国君的赏赐，给儿子取名孔鲤，字伯鱼，用志不忘君恩。
孔子二十一岁时，曾任乘田吏，主管苑囿，负责养牛羊牲畜。孔子都能尽心做好工作。
孔子向师襄学习弹琴，十日不更换曲子，襄子曾三次劝他改习别的曲子，孔子分别以尚未体会此曲的韵律、志趣、和作者而推辞。后来孔子在弹奏中突然说：“非文王，谁能为此？”老师惊叹孔子的悟性，说此曲正是《文王操》。
孔子三十五岁，和南宫敬叔一齐到周地去，向老子问礼，因为老子曾做过周王朝的守藏室之史（管理藏书的官吏），熟知周礼，所以孔子特向老子请教。
孔子三十五岁时，到了齐国，和齐国太师谈论音乐。听了传说中舜作的乐曲《韶乐》，沉醉其中，以至三个月吃饭都不知肉的味道。
孔子在齐国，齐景公问孔子如何治理国家，孔子建议他节省财力。齐景公很高兴，想把尼谿（xī）的田地封赐给孔子，但遭到大臣晏婴的反对，于是孔子离开齐国，返回鲁国。
鲁定公六年时，季孙氏僭越公室，大臣们掌握了祭祀、征伐等国家政事，孔子当时四十八岁，看不惯这种礼崩乐坏的局面，不求做官，专心修诗书，定礼乐。当时弟子来求学的很多。
鲁定公十年夏，齐鲁两国国君相会于夹谷。齐国演奏四方之乐，孔子说两君相会，不能用夷狄之乐，迫使齐景公撤走乐舞；齐国又演奏宫中之乐，孔子批评说匹夫惑乱诸侯，迫使齐景公处罚乐人。由于孔子的智慧，使鲁国在外交上取得了一次胜利。
夹谷相会之后，齐景公回国责备自己的大臣“以夷狄之道教寡人”，致使齐国在外交上失礼，就将过去侵占的鲁国的田地送还鲁国，以表谢过。
孔子由中都宰（中都的地方官）改任为司空，鲁定公十一年又晋升为大司寇，并代理执行宰相的职务。孔子当时诛杀了“乱政”大夫少正卯。孔子参与国家大事三个月，做到路不拾遗，夜不闭户，买卖公平，社会秩序良好，使国家呈现大治的景象。
齐国听说孔子执政，担心鲁国会吞并齐国，采用黎鉏（chú）的计谋，送给鲁定公能歌善舞的女乐八十人、有文采的马匹三十驷，企图使鲁国君臣玩乐丧志。
鲁君中了齐人的计，沉迷于女乐，怠惰于国事，郊祭后又没有按照礼仪惯例向大夫们分送祭祀的胙（zuò）肉。孔子于是辞职出走，五十六岁开始周游列国。
孔子离开鲁国去卫国，从卫国去陈国，路过匡地。鲁国的阳虎曾施暴于匡人，孔子长得像阳虎，匡人就把孔子师徒围拘了五天，孔子派随从求助于卫国大夫宁武子才解了围，离开匡地。
孔子五十九岁，在卫国，和弟子们击磬消遣，有一个挑着草筐子的人从门前经过，叹息说：“这击磬的人很有救世的心啊！”过了一会又说：“这击磬的人是这样固执啊！世人不能了解你，就独善其身吧！”孔子听了感叹说：“果如你所说，不可为则不为，那有何难呢？”
孔子离开卫国，到了蒲地，一个多月又回到卫国。一天，卫灵公和夫人坐在一辆车上出游，却让孔子坐在后面的车上跟随。
孔子不满卫灵公的行为，他说：“我不曾见过爱好道德君子胜过爱好女色的人啊！”于是离开了卫国。
鲁哀公二年，孔子回到卫国，一天，灵公问孔子如何排列军阵。孔子讲求礼义，反对战争，回答说没有学过，卫灵公很不高兴。第二天，同孔子谈话时，灵公仰观飞雁，怠慢孔子。孔子于是离开卫国，到陈国去。
孔子在卫国得不到重用，想到晋国去见赵简子，到黄河边上听说晋国杀了贤大夫窦鸣犊、舜华，他临河叹息，认为“君子讳伤其类”，便返归卫国。
鲁哀公三年，孔子离开曹国到宋国，在大树下演习礼仪，宋国的司马桓魋（tuí）想杀孔子，砍伐了大树。弟子们劝孔子快走，孔子说：“上天赋予我推行道德的使命，桓魋能把我怎么样？”
孔子到陈国，寄寓在司城贞子家。过了一年多，有只隼鹰飞落到陈国宫廷中死去，是被楛木做的箭射中的。陈愍（mǐn）公问孔子，孔子说：这箭来自肃慎（古国名），从前肃慎曾把这种楛箭进贡武王克商，武王又把楛箭分赐给陈国。陈愍公派人到府库中果然查到这种箭。
孔子从陈到蔡又到叶，从叶返归蔡国，碰到长沮、桀（jié）溺在一同耕地。孔子派子路去打听渡口，桀溺说：“天下就像滔滔洪水到处混乱，谁能改变这种局面呢？你与其跟着那择主而事的人（指孔子），还不如跟从避世隐居的人好呢！”说完，仍旧不停地继续做活，不理睬子路。
鲁哀公六年，楚国派人聘请孔子到楚国去。陈蔡二国的大夫们担心楚国重用孔子会给陈蔡带来危险，于是共同发兵将孔子师徒围困在旷野里。粮食吃光了，跟随的人都饿得站不起来，孔子仍然讲诵诗书、抚琴歌咏，没有一点悲伤恐惧的样子。后来派子贡到楚国，请来救兵，才得以解围。
孔子到了楚国，楚昭王想把书社之地七百里赐封给他。楚国的令尹（官名）子西认为孔子有贤弟子相助，再有了封地，将不利于楚国。楚昭王于是取消了赐封孔子的念头，不重用他，孔子只好离开楚国，返回卫国。
鲁哀公十一年，孔子六十八岁，在卫国。鲁国执政大夫季康子派人携带礼物请孔子回国。孔子归国，结束了十四年的周游列国生活，作丘陵之歌，抒发自己的感慨。
孔子回到鲁国，没有得到重用，孔子也不求出仕为官，他整理古代文献，叙《书》、传《礼》、删《诗》、正《乐》、序《易》、修《春秋》，以诗书礼乐教育弟子，弟子三千，身通六艺者有七十二人。
相传，孔子著作既成，斋戒向北斗星告备，忽然有赤虹自天而下，化成黄玉，刻“孔提命作，应法为赤制”，孔子跪拜接受。
哀公十四年春，孔子七十二岁，鲁国人打猎，打死一头异兽，孔子认为是麒麟，哭泣说：麒麟是仁兽，天下有道才会出现。现在天下无道，麒麟出而被杀，“吾道穷矣”！于是停止了鲁国史书《春秋》的编写。
哀公十六年，孔子病重，子贡拜见，孔子问子贡为什么来得这么晚，并伤心地唱道：“泰山其颓乎！梁木其坏乎！哲人其萎乎！”泪随歌下。孔子说，昨天梦中坐奠两柱之间，很像殷人殡丧的制度，大概自己快要死了。公元前四七九年辞世，享年七十三岁。
孔子死后埋葬在鲁国都城以北的泗河边上，弟子们服丧三年，唯独子贡在墓侧结庐守墓六年才离去。
孔子死后，人们每年按时祭祀孔子墓。孔子故居被改作庙宇，保存着孔子生前使用过的衣、冠、琴、车、书。汉高祖刘邦经过曲阜，曾以太牢（猪、羊、牛三牲）祭祀孔子。
